1. CONICET
  2. Comunidad CONICET
  3. MARCELO RUBEN CAPAROTTA
Comunidad CONICET
CAPAROTTA, MARCELO RUBEN

Postdoctoral (interna)

Especialidad
Química Computacional
Disciplina Científica
Ciencias Quimicas - Informática y Comunicaciones
Tema
Desarrollo de Modelos Computacionales para la Generación de Ligandos Basados en IA y Dinámica Molecular.
Lugar de Trabajo
INSTITUTO DE HISTOLOGIA Y EMBRIOLOGIA DE MENDOZA DR. MARIO H. BURGOS (IHEM, CONICET-UNCU)
Depende de
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Dirección:
EDIFICIO IHEM CENTRO UNIVERSITARIO S/N, M5502JMA - Mendoza - Argentina
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Resumen Información suministrada por el agente en SIGEVA
Como licenciado en sistemas de información y con el doctorado especializado en química computacional me he dedicado al estudio de las interacciones entre lípidos y proteínas, -particularmente durante eventos biológicos de interés como la curvatura de las bicapas y su fusión, la nucleación y la expansión de poros de fusión en membranas de diferentes composiciones lipídicas- realizando simulaciones de dinámica molecular (GROMACS, AMBER, OpenMM) con campos de fuerza atomísticos y de grano grueso (... Como licenciado en sistemas de información y con el doctorado especializado en química computacional me he dedicado al estudio de las interacciones entre lípidos y proteínas, -particularmente durante eventos biológicos de interés como la curvatura de las bicapas y su fusión, la nucleación y la expansión de poros de fusión en membranas de diferentes composiciones lipídicas- realizando simulaciones de dinámica molecular (GROMACS, AMBER, OpenMM) con campos de fuerza atomísticos y de grano grueso (Martini). He desarrollado variables colectivas (PLUMED, C++, Python) para inducir la formación de poros de fusión y calcular la energía libre (umbrella sampling, metadinámica). He estudiado el plegamiento de proteínas utilizando una herramienta propia del laboratorio (MELD) -que incluye Intercambio de Réplicas de Dinámica Molecular (H,T REMD) e Inferencia Bayesiana- a la cual incorporé Aceleración Gaussiana (GaMD).
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Líneas de Investigación

Química Computacional

Ciencias naturales y exactas

  • Ciencias biológicas
  • Bioquímica y biología molecular (ídem 3.1.10)
Capacidades Tecnológicas

5 - Ciencias físicas y exactas

5.1 - Química

  • 5.1.2 - Química computacional y modelado

6 - Ciencias biológicas

6.1 - Medicina, Salud humana

  • 6.1.13 - Productos farmacéuticos / medicamentos

6.2 - Biología / Biotecnología

  • 6.2.6 - Diseño molecular
Palabras Clave
Química ComputacionalSimulaciones de Dinámica MolecularMétodos de muestreo mejoradoCampo de fuerza de grano gruesoPoros de fusionPlegamiento de proteínasInteracciones lípido-proteínaComputational ChemistryMolecular Dynamics SimulationsEnhanced Sampling methodsCoarse-Grained Force FieldFusion poresProtein foldingProtein-Lipid Interactions
Formación Académica

2018 - 2022

Doctor en Ciencia y Tecnología

FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES, UNIVERSIDAD NACIONAL DE CUYO

1999 - 2004

Licenciado en Sistemas de Información

UNIVERSIDAD CHAMPAGNAT

Formación de RRHH
Dirigido por:
MASONE, DIEGO FERNANDO
Carrera Investigador
MASONE, Diego Fernando Carrera Investigador
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