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  3. MARCELO RUBEN CAPAROTTA
CONICET Community
CAPAROTTA, MARCELO RUBEN

Postdoctoral (internal)

Speciality
Química Computacional
Scientific discipline
Chemical Sciences - Computer Science and Communications
Topic
Development of Computational Models for AI-Based Ligand Generation and Molecular Dynamics
Workplace
INSTITUTO DE HISTOLOGIA Y EMBRIOLOGIA DE MENDOZA DR. MARIO H. BURGOS (IHEM, CONICET-UNCU)
Dependencies
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Address:
EDIFICIO IHEM CENTRO UNIVERSITARIO S/N, M5502JMA - Mendoza - Argentina
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Como licenciado en sistemas de información y con el doctorado especializado en química computacional me he dedicado al estudio de las interacciones entre lípidos y proteínas, -particularmente durante eventos biológicos de interés como la curvatura de las bicapas y su fusión, la nucleación y la expansión de poros de fusión en membranas de diferentes composiciones lipídicas- realizando simulaciones de dinámica molecular (GROMACS, AMBER, OpenMM) con campos de fuerza atomísticos y de grano grueso (... Como licenciado en sistemas de información y con el doctorado especializado en química computacional me he dedicado al estudio de las interacciones entre lípidos y proteínas, -particularmente durante eventos biológicos de interés como la curvatura de las bicapas y su fusión, la nucleación y la expansión de poros de fusión en membranas de diferentes composiciones lipídicas- realizando simulaciones de dinámica molecular (GROMACS, AMBER, OpenMM) con campos de fuerza atomísticos y de grano grueso (Martini). He desarrollado variables colectivas (PLUMED, C++, Python) para inducir la formación de poros de fusión y calcular la energía libre (umbrella sampling, metadinámica). He estudiado el plegamiento de proteínas utilizando una herramienta propia del laboratorio (MELD) -que incluye Intercambio de Réplicas de Dinámica Molecular (H,T REMD) e Inferencia Bayesiana- a la cual incorporé Aceleración Gaussiana (GaMD).
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Lines of Investigation

Química Computacional

Natural and exact sciences

  • Biological sciences
  • Biochemistry and molecular biology (same as 3.1.10)
Technological Capacities

5 - Physical and exact sciences

5.1 - Chemistry

  • 5.1.2 - Computational Chemistry and Modelling

6 - Biological sciences

6.1 - Medicine, Human Health

  • 6.1.13 - Pharmaceutical Products/Drugs

6.2 - Biology/Biotechnology

  • 6.2.6 - Molecular design
Key Words
Química ComputacionalSimulaciones de Dinámica MolecularMétodos de muestreo mejoradoCampo de fuerza de grano gruesoPoros de fusionPlegamiento de proteínasInteracciones lípido-proteínaComputational ChemistryMolecular Dynamics SimulationsEnhanced Sampling methodsCoarse-Grained Force FieldFusion poresProtein foldingProtein-Lipid Interactions
Education

2018 - 2022

Doctor en Ciencia y Tecnología

FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES, UNIVERSIDAD NACIONAL DE CUYO

1999 - 2004

Licenciado en Sistemas de Información

UNIVERSIDAD CHAMPAGNAT

HR Training
Directed by:
MASONE, DIEGO FERNANDO
Scientific Research Career at CONICET
MASONE, Diego Fernando Scientific Research Career at CONICET
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