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Congreso Argentino de Microbiología, LIBRO DE RESUMENES 2024 - Diversidad de plásmidos y arreglos genéticos en aislamientos clínicos de Klebsiella pneumoniae ST307 productores duales de carbapenemasas KPC y NDM emergentes durante la pandemia de COVID-19 en Argentina
Congreso
Autoría:
Gómez, Sonia Alejandra ; Diego Faccone ; Juan Manuel de Mendieta ; M.B. Sanz ; Celeste Lucero ; Ceriana, Paola ; Florencia Martino ; Escalante, Jenny ; Pasteran, Fernando ; Ramirez, María Soledad ; Corso, AlejandraFecha:
2024Editorial y Lugar de Edición:
ASMResumen *
INTRODUCCIÓNDurante la primera ola de COVID-19 (2020) en Argentina se observó un aumento de K. pneumoniae productora de carbapenemasas de 20% (2019) a 30 % (2021) (Red WHONET-Argentina) y la emergencia de dobles productores (DP) de KPC y NDM. Estudios previos demostraron que los DP se asociaron principalmente a la emergencia del ST307 de K. pneumoniae (Faccone D. et. Al. 2023) aunque, se desconoce la estructura genética de los plásmidos (PL) que portan estas carbapenemasas.OBJETIVO Caracterizar los PL de seis aislamientos de K. pneumoniae ST307 productoras duales de KPC y NDM. METODOS Se estudiaron 6 aislamientos diversos de K. pneumoniae ST307 DP de KPC y NDM (nov-2020 a sept-2021) de una muestra previamente caracterizada (n=82). Se seleccionaron según el siguiente criterio: (i) diversidad de combinaciones alélicas (n), blaKPC-2 y blaNDM-1 (2), blaKPC-2 y blaNDM-5 (2), blaKPC-3 y blaNDM-1 (2); (ii) pulsotipo por Xba-I-PFGE y (iii) hospital y tipo de muestra (Tabla). La secuenciación del genoma se realizó por Illumina NextSeq 550 y con GridION (R10.4.1). Tras ensamblar con Unicycler (v0.4.8-beta), se analizó utilizando protocolos del LNR, herramientas bioinformáticas de acceso libre (PlasmidFinder, AMRfinderPlus, Artemis, ACT, PATRIC v 3.6.3, etc.) y de forma manual. RESULTADOSLos aislamientos portaron entre 2 y 4 PL circulares (Tabla) con tamaños de 3,7 a 250 Kb. Ambas carbapenemasas se localizaron en PL distintos. En total, en las seis cepas se identificaron 20 PL con 9 replicones. Tres, fueron replicones híbridos (2 replicasas) hallados en 8 PL en 5 cepas. KPC-2 se encontró en distintos PL mientras que las otras carbapenemasas se alojaron en un único tipo de PL: blaNDM-1 (IncC), blaNDM-5 (IncFIB/H1B) y blaKPC-3 (IncR). Cuatro aislados portaron un PL Col (ca. 3.7 Kb) sin genes de resistencia. Los cuatro PL IncFIB/IncHIB presentaron distintas combinaciones de β-lactamasas: NDM-5 (1), NDM-5+CTX-M-15 (1), KPC-2 (1), sin genes de resistencia (1). El resistoma total de los PL fue variado. Algunos PL solo portaron la carbapenemasa mientas que otros portaron entre 3 y 14 genes de resistencia adicionales entre los que se destacan blaCMY-6 o blaCTX-M-15, las metilasas rmtC o B, qnRB o S y acetiltansferasas, entre otros. El entorno genético inmediato de blaKPC se detectó el Tn4401a en 4/6 aislados. Los 2 PL IncM1 portaron blaKPC-2 en un no-Tn4401 (NTE) asociado al Tn3. El entorno inmediato de NDM fue muy heterogéneo: en 3/4 PL IncC-blaNDM-1, el entorno fue distinto. En los 2 PL IncFIB/HI1B con blaNDM-5, río arriba se destaca rmtB y varias IS26 formando distintos arreglos. CONCLUSIONESEl clon ST307 de K pneumoniae, productores dual de KPC+NDM, demuestra la capacidad de albergar gran diversidad de PL. Por esto, la diseminación de NDM y KPC en el ST307 podría atribuirse en parte al aporte tanto de PL epidémicos más conservados como el IncC o el IncM ya circulantes en nuestro pais, como a PL híbridos como los IncFIB/IncHI1B. Información suministrada por el agente en SIGEVAPalabras Clave
PLASMIDONDMKPCCARBAPENEMASA