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Journal of Basic & Applied Genetics - DESEQUILIBRIO DE LIGAMIENTO EN LA RAZA BRANGUS ARGENTINA
Congreso
Autoría:
Pardo, A.M. ; Forneris, N.S. ; Maizon, D.O. ; Munilla, S.Fecha:
2022Editorial y Lugar de Edición:
Sociedad Argentina de GenéticaISSN:
1852-6233Resumen *
El desequilibrio de ligamiento (LD), definido como la asociación no aleatoria de alelos entre loci, es un parámetro crucial para estudios de estructura poblacional, mapeo de QTL e implementaciónde estudios de asociación de genoma completo y selección genómica. Se caracterizó la magnitud del LD entre marcadores (SNP) en 2.841 animales (1.058 toros y 1.783 vacas) de la población argentina de la raza Brangus utilizando el cuadrado de la correlación entre alelos en pares de loci (r2) como estimador. Un total de 41.290 SNP fueron obtenidos después de fusionar los diferentes paneles existentes en la base de datos y filtrar por call rate (<95%) y alelos monomórficos. Se obtuvieron los haplotipos en fase separadamente para cada uno de los 29 autosomas y se computaronlos r2 para todos los pares de SNP posibles, utilizando los softwares SHAPEIT y R, respectivamente. Las distancias medias entre marcadores en cada cromosoma oscilaron entre 14,18 y 54,03 Mb. El LD promedio ± SD a través de todos los autosomas para el intervalo de hasta 1 Mb y total fueron 0,09 ± 0,14 y 0,01 ± 0,03, respectivamente. Los valores más altos de LD se observaron para los pares de SNP ubicados a distancias menores de 0,1 Mb con r2 promedios de 0,21 ± 0,25 (n = 78.177 pares de marcadores, de los cuales el 25% tuvieron r2 ≥ 0,30). Los valores de r2 del presente estudio fueron similares a aquellos reportados para la misma raza en la literatura internacional. Este es el primer análisis detallado de LD para Brangus en Argentina y será de utilidad tanto para el programa deselección genómica como para la caracterización de su estructura poblacional. Información suministrada por el agente en SIGEVAPalabras Clave
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