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CONICET Community

CAPAROTTA, MARCELO RUBEN

POSTDOCTORAL (INTERNA)

SPECIALITY:

Química Computacional

Scientific discipline:

Chemical Sciences - Computer Science and Communications

Topic:

Development of Computational Models for AI-Based Ligand Generation and Molecular Dynamics

Workplace

INSTITUTO DE HISTOLOGIA Y EMBRIOLOGIA DE MENDOZA DR. MARIO H. BURGOS (IHEM, CONICET-UNCU) Depends on
Address:
EDIFICIO IHEM CENTRO UNIVERSITARIO S/N, M5502JMA - Mendoza - Argentina

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S&T Expertise*

Como licenciado en sistemas de información y con el doctorado especializado en química computacional me he dedicado al estudio de las interacciones entre lípidos y proteínas, -particularmente durante eventos biológicos de interés como la curvatura de las bicapas y su fusión, la nucleación y la expansión de poros de fusión en membranas de diferentes composiciones lipídicas- realizando simulaciones de dinámica molecular (GROMACS, AMBER, OpenMM) con campos de fuerza atomísticos y de grano grueso (Martini). He desarrollado variables colectivas (PLUMED, C++, Python) para inducir la formación de poros de fusión y calcular la energía libre (umbrella sampling, metadinámica). He estudiado el plegamiento de proteínas utilizando una herramienta propia del laboratorio (MELD) -que incluye Intercambio de Réplicas de Dinámica Molecular (H,T REMD) e Inferencia Bayesiana- a la cual incorporé Aceleración Gaussiana (GaMD). *Information provided by the agent in SIGEVA

Lines of Investigation

Química Computacional Natural and exact sciences - Biological sciences - Bioquímica y Biología Molecular (ídem 3.1.10)

Technological Capacities

  • 5. Physical and exact sciences
    • 1. Chemistry
      • 1.2. Computational Chemistry and Modelling
  • 6. Biological sciences
    • 1. Medicine, Human Health
      • 1.13. Pharmaceutical Products/Drugs
    • 2. Biology/Biotechnology
      • 2.6. Molecular design

Key Words

Química ComputacionalSimulaciones de Dinámica MolecularMétodos de muestreo mejoradoCampo de fuerza de grano gruesoPoros de fusionPlegamiento de proteínasInteracciones lípido-proteínaComputational ChemistryMolecular Dynamics SimulationsEnhanced Sampling methodsCoarse-Grained Force FieldFusion poresProtein foldingProtein-Lipid Interactions

Education

2018 - 2022

Doctor en Ciencia y Tecnología

FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES, UNIVERSIDAD NACIONAL DE CUYO

1999 - 2004

Licenciado en Sistemas de Información

UNIVERSIDAD CHAMPAGNAT


Directed by
MASONE, DIEGO FERNANDO
Scientific Research Career at CONICET

Science and Technology Production

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