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CONICET Community
CARBALLO, JOSÉ

Assistant researcher

Speciality
Bioinformatica
Scientific discipline
Agrarian Sciences - Food engineering and Biotechnology
Topic
Sequencing and assembly of the Eragrostis curvula genome to disclose the genetic and epigenetic regulation of apomixis.
Workplace
CENTRO DE RECURSOS NATURALES RENOVABLES DE LA ZONA SEMIARIDA (CERZOS, CONICET-UNS)
Dependencies
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Address:
CAMINO LA CARRINDANGA KM 7E1, B8000CPB - Bahía Blanca - Buenos Aires - Argentina
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Durante el curso de Doctorado adquirí la habilidad de trabajar con el SO Linux para el análisis de datos genómicos, transcriptomicos y epigenomicos. El principal objetivo de estos análisis fue la identificación de la región ligada a al apomixis en el genoma de Eragrostis curvula y el estudio del contenido de los elementos regulatorios que contiene. Se hicieron análisis comparativos de genotipos con distinto modo reproductivo y ploidía. Para ello se secuenciaron bibliotecas de RNA-seq, ADN, geno... Durante el curso de Doctorado adquirí la habilidad de trabajar con el SO Linux para el análisis de datos genómicos, transcriptomicos y epigenomicos. El principal objetivo de estos análisis fue la identificación de la región ligada a al apomixis en el genoma de Eragrostis curvula y el estudio del contenido de los elementos regulatorios que contiene. Se hicieron análisis comparativos de genotipos con distinto modo reproductivo y ploidía. Para ello se secuenciaron bibliotecas de RNA-seq, ADN, genotipado por secuenciación, secuenciación de ADN y regiones diferencialmente metiladas. Para el análisis de todos estos datos desarrolle experiencia en programas bioinformáticos específicos para cada una de estas técnicas y en leguajes de programación como R, python y Perl. Los proyectos de secuenciación de ADN y ARN requirieron que me forme en el campo del ensamblado y la anotación de genomas y transcriptomas. Para ello, en múltiples ocasiones realice pasantías en el instituto NIAB de Reino Unido y el cual cuenta con una amplia trayectoria en el campo de la bioinformática.
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Lines of Investigation

Bioinformatica

Agricultural sciences

  • Agricultural biotechnology
  • Agricultural biotechnology and food biotechnology

Bioinformatica

Agricultural sciences

  • Agricultural biotechnology
  • Agricultural biotechnology and food biotechnology
Key Words
BioinformaticaapomixisEragrostisBioinformatic
Education

2016 - 2021

Doctor en Agronomía

UNIVERSIDAD NACIONAL DEL SUR

2006 - 2013

Ingeniero Agronomo

UNIVERSIDAD NACIONAL DEL SUR

HR Training
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