Preparación de muestras para RNAseq y análisis bioinformático de datos de secuenciación masiva.: Prestación 1: preparación de muestras para la tercerización de la secuenciación. Prestación 2: Análisis Bioinformatico de datos de secuenciación.

Servicio tecnológico

Detalle:

P1: Extracción de ADN y RNA para análisis genético/transcriptómicos. P2: Realización de análisis bioinformático cualitativo y cuantitativo a partir de los datos crudos generados por la secuenciación. El servicio está dirigido a empresas y centros de investigación públicos y privados.

Metodología:

Las muestras serán colectadas y almacenadas según su origen. Una vez inventariadas, se las almacenará en frío. Si se utiliza ARN, se proveerá la conservación de este para garantizar su integridad almacenando las mismas e RNALater (Invitrogen). La extracción de ácidos nucleicos se realiza de acuerdo con el tipo de material de partida, siguiendo el protocolo establecido para la extracción de ARN el reactivo Trizol (Invitrogen). La cuantificación del material extraído se evaluará mediante el fluorometro Qubit (Invitrogen), la integridad de este se analizará mediante electroforesis en gel de agarosa. Las muestras serán enviadas a secuenciar evaluando previamente la estrategia de secuenciación según las necesidades del contratante y el experimento realizado. Los datos crudos generados por el proceso de secuenciación (ShotGun sequencing) se descargan a nuestro servidor. El control de calidad de los datos de secuenciación (archivos Fastq) se realizará a través de herramientas como FASTX-Toolkit y FASTQC. Las lecturas filtradas luego se alinearán y/o mapearon a las secuencias del genoma de referencia para realizar ensamblados de transcriptomas y/o genomas y su ulterior análisis cualitativo o cuantitativo y cuantitativo. Al finalizar se entregará un informe de resultados.