Ensamblado y anotación de metagenomas (whole-DNA metagenomes). Obtención de MAGs (metagenome-assembled genomes) y anotación funcional y taxonómica. Obtención de MAGs a partir de metagenomas de consorcios microbianos diseñados.

Technological service

Detail:

Filtrado de calidad de lecturas crudas, ensamblado y anotación funcional de los scaffolds. Binning y recuperación de MAGs, chequeo de calidad, y anotación funcional y taxonómica. Dirigido a empresas y/o públicos que realicen análisis metagenómicos de ADN total de todo tipo de muestras biológicas o bien quieran obtener información genómica de colecciones de microorganismos. Se entregan secuencias nucleicas, proteicas, MAGs recuperados, y sus correspondientes anotaciones.

Methodology:

Partiendo de las lecturas crudas resultantes de la secuenciación de ADN total de todo tipo de muestras biológicas (muestras de suelos, agua, clínicas), se evalúa su calidad y se filtra mediante la familia de herramientas BBTools. Posteriormente se realiza el ensamblado por metaSPAdes, o bien por Canu (en el caso de metagenomas con lecturas largas). El tipo de ensamblador puede variar a pedido del usuario. El ensamblado se realiza para cada muestra por separado, y adicionalmente se realizará un cross-assembly utilizando todas las muestras (si se contara con varias réplicas biológicas). Las lecturas corregidas se mapean a los contigs obtenidos por medio de Bowtie2, generando los posibles mapeos entre muestras (lecturas de cada muestra sobre cada conjunto de contigs). Se generará el binning, aprovechando las diferencias de cobertura y composición nucleotídica en cada muestra, utilizando metabat2 y maxbin2 y CONCOCT. Los bins generados por cada herramienta se combinarán para generar bins consenso utilizando DAS Tool. La completeness y contamination de cada MAG generado se evalúa por medio de CheckM. Se demarcan los marcos abiertos de lectura utilizando Prodigal, y se anotan todos los marcos abiertos de lectura del metagenoma con eggNOG-Mapper y DRAM (en el caso de los MAGs). Se lleva a cabo una anotación taxonómica de los MAGs utilizando la base de datos de taxonomía de genomas GTDB, por medio de GTDB-tk. El procedimiento resulta, dependiendo de la complejidad de la muestra y la profundidad de secuenciamiento, así como del número de réplicas, en un conjunto de MAGs (metagenome-assembled genomes) de alta calidad (>90% completeness, <10% contamination), que puede variar en número y calidad. El servicio presupuestado considera la obtención de hasta 100 genomas a partir del secuenciamiento de 1 a 3 muestras metagenómicas. Se entregan secuencias nucleicas, proteicas, MAGs recuperados, y sus correspondientes anotaciones, (archivos intermedios a pedido).